代妈年龄和获得胚胎数量的多少是影响成功率的关键因素。第三代试管婴儿的对象往往是遗传病、反复自然流产、平衡易位、少弱精子症等患者，通常年龄偏大，获得胚胎数量较少，再经过PGD筛选后，可供移植的胚胎数更少。

因此从表象上看，第三代试管婴儿成功率往往不如第一代和第二代。然而临床妊娠并不代表能够生出健康后代，而广州代妈第三代试管婴儿由于经过胚胎筛选，一旦妊娠，其流产率比普通试管婴儿要低，出生缺陷率明显下降。

第三代试管婴儿比第一代、第二代增加了两个步骤：

第一个步骤是胚胎活检，即从胚胎上取下一个细胞用于检测，需要特殊的激光打孔仪、特殊培养皿以及特定的试剂；

第二个步骤是诊断，即对取下的细胞进行检测。目前常用的是荧光原位杂交技术，每个病例根据情况需要用2-8种DNA探针，价格昂贵，另外需要配置荧光显微镜、杂交仪等设备，因此第三代试管婴儿单单试剂和设备成本就远高于普通试管婴儿。

此外，不同于普通的临床诊断或测试，第三代试管婴儿可用于诊断的材料堪称极其微量——仅仅一个细胞，操作难度相当大，耗时费力，因此其人力成本也大大超过第一代或第二代。