子宫内膜异位症成为妇科临床难治病，主要由于发病机制尚未明确。目前认为可能是经期时，经血中含有的活性子宫内膜随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于盆腔而发病；由盆腔腹膜、卵巢生发上皮在某些因素影响下，衍化为子宫内膜样组织而形成子宫内膜异位症；或具有活性的子宫内膜经淋巴及静脉播散而种植；可由免疫功能异常和代妈内分泌功能紊乱而诱发。
初潮年龄早(≤12岁)，平均行经时间长(≥8天)，以及痛经程度重，发病的相对危险度均有增加。平均月经周期＞35天者，发病的相对危险度下降。
原发性痛经
随着痛经的增剧，异位症的发生率也增高，痛经程度与子宫收缩强弱有关，而子宫收缩易使经血倒流进入盆腔及其他部位导致内膜异位症。
经期运动
月经期运动如跑步、打球、游泳、骑自行车是危险因素，可能与月经期盆腔充血、运动增加经血倒流有关。
月经期运动如跑步、打球、游泳、骑自行车是危险因素，可能与月经期盆腔充血、运动增加经血倒流有关。
放置宫内节育器
宮内节育器(IUD)使月经量增多，增加了经血倒流的机会，是发生异位症的危险因素。
宮内节育器(IUD)使月经量增多，增加了经血倒流的机会，是发生异位症的危险因素。
子宫相关手术
剖宫取胎术、剖宮产术及妇科的某些小手术，如输卵管通水、造影、人工流产负压吸引术等均有可能将子宫内膜送入盆腔而引起异位症。
体质因素和家族史
有家族史如其直系家属患有此病，则其发病率增高，且病更为严重。
不孕
据统计，在不代妈女中有25%～40%患有内膜异位症。穗承提醒不孕与盆腔子宫内膜异位症有着密切的关系，月经持续来潮≥5年而未妊娠者，易倾向发生异位症。
